En la década del 80 se sucedieron importantes acontecimientos que definirían el camino de la facultad, ante todo por la separación del Hospital Enrique Cabrera que dio paso a otra Facultad. El 30 de noviembre de 1989, fue inaugurado por Fidel el Hospital Juan Manuel Márquez, donde se concentra la docencia de Pediatría con un claustro de profesores de reconocido aval en Ciencias Médicas. Se inició a su vez el Curso para Trabajadores de la Licenciatura en Enfermería.
Estos hechos irían convirtiendo a la institución en un importante centro para la formación médica en pre y posgrado, pues ya a partir del curso escolar 86-87 se asumió la docencia de posgrado en las Residencias Médicas, las que se fueron incrementando paulatinamente hasta llegar, en momentos, a 36 especialidades.
Progresivamente fue en ascenso la docencia cuando en el curso 1992-93 comenzó la Licenciatura en Enfermería en el Curso Regular Diurno, y en el siguiente curso la carrera Tecnología de la Salud en los perfiles de Optometría e Higiene y Epidemiología. De igual modo en estos años 90 se reestructuró la Atención Primaria de Salud y los policlínicos fueron acreditados para la docencia, proceso que se armonizó con el Proyecto de la Revolución de Universalización de la Enseñanza Superior. Así desde el 6 de septiembre del 2004, la facultad asumió por primera vez la docencia de pregrado de los dos primeros años de la carrera de Medicina, más los perfiles de Tecnología de la Salud a partir de la descentralización de esta carrera, y en el curso 2005-2006 se comenzó a impartir la carrera de Psicología de la Salud ya municipalizada.
Un nuevo reto debió enfrentar la facultad en septiembre de 2008 al insertarse la formación técnica con enfermería de 9no, nivel de enseñanza que ha ido en ascenso, también con entrada de 12mo grado, y otros perfiles de tecnología de la salud, a la par que realizaba con satisfacción, en julio de 2009, la primera graduación de los estudiantes de medicina del proyecto policlínico universitario.
La formación permanente ha sido objetivo también de la institución que abarca el posgrado en todas sus modalidades, para contribuir al mejoramiento profesional y humano de sus profesionales.
Los jóvenes estudiantes, organizados en la FEU, la FEEM y la UJC, han sido junto a los profesores, protagonistas de la historia de la facultad, conscientes del papel que están llamados a desempeñar en correspondencia con los retos que la sociedad espera de ellos y que conlleve el mejoramiento de la calidad de vida de los ciudadanos, en el marco de los valores éticos y morales, y responder también a los intereses de la cultura y el progreso social en las condiciones concretas y prácticas de Cuba y del mundo, sobre todo por el ejercicio de la sagrada misión y la influencia cultural que ejercen hacia cada ciudadano.
Es esta una breve síntesis de la historia de la Facultad como notable cantera de formación de recursos humanos para la salud en el terreno asistencial, la prevención y promoción, condición que tiene la mayor vigencia. En sus aulas se han formado más de miles de médicos, Licenciados en Enfermería, cientos Licenciados en Tecnología de la Salud y en la educación posgraduada en correspondencia con las concepciones de la educación médica cubana.
