La UCM viene trabajando en la implementación de su Sistema de Gestión desde el año 2008, enfocado hacia los procesos y concebido para integrar la gestión universitaria en todos los ámbitos, sobre todo entre la planeación estratégica, la gestión de la calidad y el sistema de control interno. Este sistema permite integrar los principales elementos de la gestión en la institución, así como sus interrelaciones e impactos fundamentales en correspondencia con la exigencia y satisfacción de las partes interesadas, en función de los lineamientos económicos y sociales. Sobre la base de aportes significativos de modernos enfoques de gestión, que facilitan el tratamiento sistémico de las variables organizacionales, se logra de manera general el mejoramiento de la gestión.