La UJC se estructura y funciona orgánicamente de acuerdo con los principios del centralismo democrático, norma su vida interna y constituye una condición esencial en la unidad de acción y en su cohesión político-ideológica. Esto se expresa en que la elección de los diferentes organismos de dirección se realiza democráticamente desde la base hasta los órganos superiores y, por consiguiente, estos organismos tienen la obligación de rendir cuentas y responder periódicamente de su gestión ante los órganos y organismos que los eligieron, así como ante las instancias superiores.
La UJC desempeña su misión con los jóvenes a través del trabajo directo con los militantes y no militantes de la Federación de Estudiantes de la Enseñanza Media (FEEM), la Federación Estudiantil Universitaria (FEU) y los movimientos juveniles, las Brigadas Técnicas Juveniles (BTJ) y el Movimiento Juvenil Martiano (MJM) que aceptan libre y conscientemente su conducción política, a las cuales orienta y controla sobre la base del respeto a su funcionamiento autónomo y a su independencia orgánica.
Estructura en la Universidad:
Organizaciones de base.
1 Comité UJC a nivel de Universidad.
- Un secretario general.
- 2 segundos secretarios.
- 8 miembros.
- Presidente de las BTJ.
- Presidente del MJM.
1 Comité Primario por Facultad.
1 Comité de base trabajadores.
146 Comité de base de estudiantes.
Para un total de 151 organizaciones de base.