Antes del triunfo de la revolución, solamente existía en Cuba una Facultad de Medicina en la Universidad de la Habana, que estaba situada en el edificio de 25 y J, en el barrio del Vedado, el cual había sido inaugurado en 1940. En 1976, se crea el Ministerio de Educación Superior y se reestructura la Enseñanza Superior en Cuba, creándose en cada provincia Facultades de Medicina, entre las que se encontraba el Instituto de Ciencias Básicas “Victoria de Girón”, la Facultad de Estomatología y varias Facultades de Medicina.
Desde el triunfo de la revolución se producen grandes transformaciones políticas y sociales en el país, comenzando a extenderse la Enseñanza de la Medicina hacia otras provincias. En la Habana se crea en 1962 el Instituto de Ciencias Médicas y Pre-clínicas Victoria de Girón y se incorporan a la docencia otros centros de salud.
En 1976 además se reestructura la Enseñanza Superior en Cuba, creándose en cada provincia del país facultades de medicina, dependientes del Ministerio de Educación Superior entre las que se encuentra el Instituto Superior de Ciencias Médicas de la Habana. El primer Rector del Instituto Superior de Ciencias Médicas de la Habana fue el Dr. Ramón Casanova Arzola.
El 9 de Abril de 1984 se crea oficialmente la Facultad de Ciencias Médicas Enrique Cabrera” al segregarse de la Facultad de Medicina No 3, que comprendía los Hospitales Quirúrgicos; “Carlos J. Finlay”, “Joaquín Albarrán” y “Enrique Cabrera” siendo nombrado como su primer Decano el Dr. Sandalio Durán Álvarez, quien comienza a organizar la estructura de la misma antes de iniciar el curso académico de 1984-1985. La Facultad “Enrique Cabrera” inicialmente estaba compuesta por el Hospital base Clínico Quirúrgico ” Enrique Cabrera” (fundado en 1961), el Pediátrico ” William Soler” (fundado en 1960) donde se instalaron las oficinas de Decanato y el Psiquiátrico “Gali García” (fundado en 1928 como Clínica psiquiátrica privada ).
Estos hospitales se encuentran situados muy cerca uno del otro, entre las avenidas 100 y Aldabó del Reparto Altahabana, Boyeros. En septiembre de 1985 se comienza a utilizar algunas áreas del edificio de Ciencias Básicas, aún en etapa de construcción, y que se encuentra situado al lado de la sala de psiquiatría “Gali García”. En este edificio se instalan las oficinas del Decanato y Administrativas. Además se desarrollan las clases de Ciencias Básicas. El primer año de creada la Facultad en el curso (1984-1985) la docencia se desarrollaba solamente en el área clínica, al año siguiente se comienza a desarrollar la docencia en el área básica .
RELACIÓN DE DECANOS HASTA LA FECHA.
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- Dr. Sandalio Durán Álvarez (1984-1990)
- Dr. Gonzalo Currás (1991-1998)
- Lic. Aurora Pérez Morales (1998-2000)
- Dr. Roberto Domínguez (2000-2003)
- Dr. Albadio Pérez Assef (2003-2008)
- Dr. Bruno Bello (2008-2011)
- Dr. Nelson Tamargo (2011-2013)
- Lic. Nuria Rivero Martìnez (2013-2016)
- DrC. René Oramas González (2016-2023)
- Dra. Leiram Lima Sarmiento(2023 hasta actualidad)