Proteger a la población cubana contra las enfermedades transmisibles, evitando su propagación y participando en el diagnóstico, su control y eliminación.
OBJETIVO No.1: Garantizar la calidad de los servicios en correspondencia con los principios y valores de la Salud Pública cubana.
OBJETIVO No.2: Fortalecer la Higiene, la Epidemiología y la Microbiología, para la prevención y control de las enfermedades transmisibles.
OBJETIVO No.3: Contribuir al desarrollo, la formación y capacitación en las Ciencias Biomédicas en general y de la Microbiología, la Parasitología, la Epidemiología y la Infectología en particular.
OBJETIVO No.4: Mantener vínculos de intercambio científico en la esfera de su especialidad con instituciones de otros países, ayudando a los países del 3er Mundo en la lucha contra las enfermedades transmisibles.
OBJETIVO No.5:Contribuir a la exportación de servicios, los ingresos y los compromisos de la colaboración internacional en el campo de las ET.
OBJETIVO No.6:Brindar como Centro Nacional de Referencia Clínica una asistencia médica altamente calificada a pacientes VIH/SIDA y de otras enfermedades transmisibles.
OBJETIVO No.7:Incrementar la racionalidad en el uso y control de los recursos materiales y financieros aprobados en el Plan y Presupuesto Institucional.