- Garantizar la calidad y el rigor de la actividad científica que realizan las sociedades científicas.
- Proponer las prioridades de investigación sobre la base del desarrollo económico, social, ambiental, científico y tecnológico del país y las directivas y normas trazadas por diferentes instituciones.
- Recibir y evaluar el plan anual de actividades de las sociedades científicas y de sus capítulos provinciales, controlando su ejecución y realizando su posterior evaluación.
- Supervisar y velar porque se cumplan estrictamente los reglamentos que rigen las sociedades, de acuerdo con las legislaciones vigentes.
- Garantizar el desarrollo adecuado de los eventos de carácter nacional e internacional a celebrar en el país organizado por las diferentes sociedades científicas.
- Apoyar y supervisar las actividades científicas que se deriven de las relaciones de las sociedades cubanas con organismos afines de carácter internacional a los que se encuentran afiliadas.
- Ejercer control y fiscalización de las actividades y fondos económicos de las sociedades, de acuerdo con las normas que sean aprobadas.
- Apoyar y participar en cualquier actividad de carácter científico programada por el Ministerio de Salud Pública con otros organismos, siempre que haya sido solicitada y aprobada previamente.
- Garantizar el ordenamiento, actualización y resguardo de los archivos de las sociedades.
- Apoyar y participar en el cumplimiento de los planes de trabajo del organismo, a través de las actividades de las sociedades científicas y en coordinación con las Áreas del Ministerio de Salud Pública.
- Velar porque las direcciones de las sociedades se encuentren en manos de personas de reconocido prestigio científico y revolucionario y que cumplan las funciones para las que fueron creadas.
- Realizar por encargo del Ministro todas las funciones que le están asignadas de conformidad a lo establecido en la Ley de Asociaciones.
- Organizar el Premio Anual de la Salud y el Premio al Mérito Científico como el principal espacio para presentación de trabajos derivados de las investigaciones, la formación posgraduada y los resultados permanentes de la labor del sector.