No pocos médicos y estudiantes del hospital se unirán al Ejército Rebelde entre ellos los doctores Julio Martínez Páez, Oscar Fernández Mell, Fabio Vázquez Rosales (que años más tarde abandonaría el país) y José R. Balaguer Cabrera de la sala Gálvez; Adolfo Rodríguez de la Vega, de la sala Weiss; José R. Machado Ventura, de las salas Mestre y Enrique López y Bernabé Ordaz Ducungé de la Clínica del Estudiante y los alumnos Gilberto Cervantes Núñez, José M. Millar Barruecos y Omar Fernández Cañizares.
Con el triunfo revolucionario se reinician las actividades docentes, pero el hospital como la Facultad de Medicina y el Colegio Médico Nacional queda convertido en centro de la intensa lucha ideológica que se llevará a cabo en el sector médico.
El 2 de febrero de 1959 la FEU y un grupo de profesores, bajo la consigna de impulsar la depuración y por la reforma universitaria, toman la Facultad de Medicina, destituyen de hecho a todo el profesorado y nombran una dirección revolucionaria. Este suceso se conoce con el nombre de El Colinazo y va a repercutir en el hospital donde también se destituye la Junta de Gobierno y se nombra una dirección revolucionaria.
Normalizada la situación dos meses después, comienza la primera depuración del profesorado que afecta nuevamente a los servicios del hospital. La situación se agudiza en profunda lucha ideológica que tiene su culminación en la reunión del claustro de la Facultad de Medicina de 29 de julio de 1960 en la que se declara en rebeldía contrarrevolucionaria una gran parte del profesorado al oponerse a la sustitución del Consejo Universitario por una Junta de Gobierno y a la creación de una junta similar en la Facultad de Medicina.
A esto, unidas las jubilaciones y renuncias que se venían presentando y las jubilaciones forzosas decretadas a finales de ese año, dejará sin sus responsables a la casi totalidad de los servicios docentes del hospital.
Suspendidos de empleo y sueldo y sometidos a juicio disciplinario los profesores contrarrevolucionarios, en septiembre de 1960, ingresan por concurso nuevos profesores, que ya trabajaban en las cátedras como adscriptos, instructores, asociados o residentes, los que unidos a los viejos maestros permanecieron fieles a la docencia y a su pueblo, asumen junto a la labor docente los servicios asistenciales del hospital hasta normalizarse todas las actividades y ser proclamada oficialmente la reforma universitaria en la histórica escalinata del centro superior habanero el 10 de enero de 1962.
Ese mismo año se inaugura el Instituto de Ciencias Básicas y Preclínicas Victoria de Girón y se trasladan a él las cátedras, denominadas ahora departamentos, que radicaban en el edificio Dr. Ángel A. Aballí, que deja de ser sede de la Facultad de Medicina y algunas del hospital como las de Fisiología, Física Biológica, Química Biológica y Psicología Médica.
