Por Decreto Presidencial de 9 de noviembre de 1940 el hospital comenzó a ser regido por una Junta de Gobierno integrada por 5 profesores de la Facultad de Medicina, 2 médicos del hospital y el secretario de la Junta de Gobierno de dicha Facultad, lo que lo hacía en parte una unidad universitaria, aunque no completamente, ya que los acuerdos de su junta de gobierno debían ser aprobados por el Ministro de Salubridad y Asistencia Social y los pagos tanto del personal como de las atenciones del hospital, eran efectuados por la pagaduría de dicho Ministerio.
No va a ser hasta 1943 que por un nuevo decreto presidencial, pasa completamente a la Universidad de La Habana por conducto de la Facultad de Medicina. A partir de entonces recibe oficialmente el nombre de Hospital Universitario “General Calixto García”, es formada su Junta de Gobierno por 7 profesores de la Facultad de Medicina designados por su claustro y los acuerdos de dicha Junta son aprobados por el Decano de la Facultad.
Desde el golpe de estado militar del 10 de marzo de 1952 que llevó nuevamente al poder al ya mayor general Fulgencio Batista Zaldívar el Hospital Universitario General “General Calixto García” sufrió como ningún otro las consecuencias de la nueva dictadura y fue el centro de las protestas estudiantiles y refugio del alumnado cuando más violenta se tornó la represión.
En la Clínica del Estudiante, fundada el 28 de enero de 1949 en el antiguo pabellón de penados, fueron atendidos no solamente los alumnos universitarios, sino también los demás participantes heridos en manifestaciones de protesta contra la dictadura. Ejemplo de los primeros lo fue el primer mártir de la lucha contra la dictadura, el estudiante de arquitectura Rubén Batista Rubio, que fue herido en una manifestación el 15 de enero de 1953 y falleció el 13 de febrero siguiente, después de casi un mes de agonía en nuestra institución.
Luego del desembarco del yate Granma, el Consejo Universitario, para evitar nuevas matanzas estudiantiles, suspendió las actividades docentes en la Universidad de La Habana en diciembre de 1956 por tiempo indefinido, las que al igual que en el año 1930 no se reiniciarían hasta la caída de la dictadura el 1 de enero de 1959.
A pesar de esta medida los servicios hospitalarios de las cátedras continuaron prestando asistencia médica dada por profesores, adscriptos, instructores, asociados, residentes, médicos y alumnos internos y otros alumnos de medicina, enfermeras, técnicos medios y trabajadores en general.
