El 23 de enero de 1896 se inaugura el Hospital Militar Alfonso XIII, en sustitución del antiguo Hospital Militar de San Ambrosio de La Habana, principal unidad de atención hospitalaria de la sanidad militar hispana en la isla. Se ubicó en las Alturas del Príncipe y estaba constituido por 81 casetas o barracas, cada una con capacidad para 30 ingresados, lo que facilitaba el aislamiento de los pacientes por enfermedades.
El 19 de junio de 1900 pasó la dependencia del hospital al ayuntamiento habanero y quedó denominado Hospital Municipal Número Uno. En abril de 1905, pasó oficialmente a ser una institución del Estado y cambió su nombre por el de Hospital Número Uno.
En septiembre de 1900 se funda en sus predios la Escuela de Enfermeras, tercera del país. En 1903 se organizó la Academia de Estudios de los Alumnos Internos del Hospital Numero Uno, la que celebraba 8 sesiones por mes y ofrecía 2 conferencias semanales.
En junio de 1910 se dispuso que la enseñanza de la carrera de comadronas o parteras, adscripta a la Facultad de Medicina y Farmacia de la Universidad de La Habana, se impartiera en el hospital y ya desde los primeros años del presente siglo los alumnos de la asignatura de Patología de Afecciones Intertropicales, de la citada Facultad de Medicina y Farmacia, recibían en la sala de enfermedades infecciosas “Lazear”, algunas prácticas.