En el año 1976, con la nueva dirección político-administrativa se plantea que cada Facultad de la Educación Superior sea dirigida por su Ministerio correspondiente y así se conforma en la Ciudad de La Habana el Instituto Superior de Ciencias Médicas de La Habana bajo la jurisdicción del Ministerio de Salud Pública, que es controlado metodológicamente por el Ministerio de Educación Superior.
Se amplía el número de Hospitales Docentes en la ciudad, se constituyen 3 Facultades Docentes: la No. 1, No. 2 y No. 3, manteniéndose el Instituto de Ciencias Básicas y Preclínicas Instituto de Ciencias Básicas y Preclínicas “Victoria de Girón”. En este curso se inicia la docencia en el Hospital “Dr. Salvador Allende “, antigua Quinta Covadonga. Es importante destacar que este hospital en 1960 comienza a llamarse Covadonga Revolucionaria y cuando es asesinado en presidente chileno Salvador Allende en septiembre de 1973, a solicitud de los trabajadores del centro asume su nombre como homenaje a esta personalidad.
En el curso 1976-1977, se creó la Facultad de Medicina en aquel entonces la No. 2 que radicaba en la calle 15 esquina a 6, Vedado y que atendería la docencia de pregrado en los Hospitales Clínico- Quirúrgicos “10 de Octubre”, “Salvador Allende” y “Enrique Cabrera”, en los Hospitales Pediátricos ”Ángel A. Aballí”, “William Soler” y “ Pediátrico del Cerro”, en los Hospitales Materno-Infantil “Clodomira Acosta” y “Materno Infantil 10 de Octubre” y la docencia en los Policlínicos Integrales de las áreas de atención de estos hospitales.
La Facultad inicia el primer curso escolar con una matrícula de 745 alumnos y una plantilla docente de 104 profesores, al frente de la misma como decano el Dr. Eduardo Pelayo González-Posada. El trabajo, en este primer curso fue arduo y muy difícil su dirección, por la dispersión de las unidades docentes. Pero en esta fundamental etapa, un grupo de profesores dejaron sus plazas en otras unidades docentes y se trasladaron a estos nuevos centros de Educación Superior a dar lo mejor de sí, y formar un mayor número de médicos revolucionarios. Entre estos mencionamos algunos, como son los profesores Mariano Valverde Medel, Ignacio Macías Castro, Bienvenido Martínez Soto, Herminio Soler, José A. Rivero Arocha, Alberto Yero Velasco y Miguel A. Canetti Puebla. Junto a este equipo de profesores se destacaron trabajadores fundadores de la Facultad que eran capaces de cumplir cualquier misión.
En 1980 se determina que la Facultad sólo atienda los hospitales clínico quirúrgicos “10 de Octubre” y “Dr. Salvador Allende” para disminuir el número de docentes y alumnos a atender y evitar la dispersión de unidades. A finales del curso 1980-1981 es designado el Dr. Miguel de la Cruz Sánchez Decano de la facultad y se nombra con, carácter provisional, como Vice Decana Docente a la Dra. Stalina Santisteban Alba.
En el curso 1982-1983. El Comandante en Jefe Fidel Castro Ruz planteó la necesidad de crear una nueva especialidad denominada Medicina General Integral, que abarcara conocimientos clínicos generales de obstetricia, ginecología, pediatría, medicina interna y otras. En este curso se constituye el Destacamento de estudiantes de ciencias médicas “Carlos J. Finlay”, mejorando la selección de los estudiantes que inician sus estudios de Medicina y se amplía el número de estudiantes que ingresan en el I.S.C.M. H. a una cifra de casi 2000 estudiantes, por lo que se plantean dos nuevas situaciones:
Que cada hospital Clínico Quirúrgico en la Ciudad de La Habana sea una Facultad de Medicina y que cada provincia tenga su Facultad de Medicina.
La edificación de nuevas construcciones docentes para la organización de estas Facultades en la Ciudad de La Habana y en el resto de las provincias.
Desde 1980 se comenzaron los proyectos de fabricación de las instalaciones de la Facultad “Dr. Salvador Allende” en los terrenos aledaños al hospital de igual nombre. A mitad del curso 1983-84, se constituye la Facultad de Medicina “Dr. Salvador Allende”, a partir de la Facultad No 2. Es designada como decana la Dra. Stalina Santisteban Alba y el Dr. Calixto Cardevilla Azoy ocupa el cargo de Vice Decano Docente, hasta que ocurre la separación y este último es nombrado Decano de la Facultad de Ciencias Médicas “10 de Octubre”. En este curso el vicedecanato de investigaciones y postgrado es dirigido por el prestigioso profesor e investigador Dr. Orfilio Peláez Molina.
El 1ro. de septiembre de 1984 se inaugura el curso 84-85 del I.S.C.M.H. en la Facultad de Medicina “Dr. Salvador Allende”, al iniciar la docencia en Ciencias Básicas, con una matrícula en esos dos años de 550 alumnos.
De esta forma la Facultad de Medicina “Dr. Salvador Allende” es la primera de Ciudad de La Habana que vuelve a ubicar y a vincular las Ciencias Básicas a las áreas clínicas hospitalarias y a contar con alumnos desde el 1ro. hasta el 6to. año de la carrera, alcanzando una matrícula total de 1322 estudiantes. En dicho curso se graduaron los primeros 153 médicos en la facultad.
El curso 85-86 se inicia con un nuevo Plan de Estudios, cuya concepción es sobre la base de la necesidad de formar un médico general integral. En este curso es decisivo el impulso dado a las Unidades Primarias de Salud para impartir la asignatura de “Sociedad y Salud”. En La Facultad se crea el Departamento General Integral dirigido por el profesor Dr. Francisco García Bertrand. En el curso 1986 – 1987 se decide que en la ciudad de La Habana comience el control docente metodológico de los residentes de las distintas especialidades, por lo que la Facultad se ve envuelta en esta tarea de organización y control de los programas ya establecidos y la confección de otros. Otra tarea es la organización del postgrado en los Institutos de Angiología, Medicina Deportiva y Neumología que consolidan el trabajo metodológico en el Nuevo Plan de Estudio de postgrado.
El 29 de abril de 1988 constituye un día inolvidable en la historia de esta Facultad: se realiza el acto de inauguración contando con la presencia de Nuestro Comandante en Jefe Fidel Castro Ruz, siendo este el mayor honor que pueden recibir todos los que colaboraron en su construcción.
En el curso 1989-1990 se produce el despegue real del Departamento de Investigación de Farmacología Clínica en sus dos vertientes: antibióticos y plantas medicinales, y además se establecen las pautas de las líneas de investigación de la Facultad, de sus Hospitales docentes y se inicia la planificación de las líneas de investigación en el Municipio Cerro. Este departamento se convirtió posteriormente en una Unidad de Ciencia y Técnica en la facultad.
La Facultad en el curso 1989-1990 se comienza a denominar “Facultad de Ciencias Médicas Dr. Salvador Allende”, al iniciarse la docencia en Licenciatura en Enfermería, con una matrícula de 103 estudiantes de primer año en el curso diurno y un total de 221 en el curso para trabajadores.
En 1990 asume la responsabilidad de Decana la Dra. Marta Pernas Gómez, quien continúa la difícil tarea de elevar la calidad del proceso docente educativo para dar cumplimiento a los objetivos propuestos a alcanzar en un egresado en el sector de salud. La Dra. Mercedes Pérez Vázquez, especialista en cirugía asume la responsabilidad de Decana en 1997.
En mayo del 2000 se designa al Dr. Ramiro Ernand Feliz como Decano de la institución y enfrenta una nueva tarea que marca un momento trascendental en la historia de la Facultad: la incorporación de estudiantes de diferentes nacionalidades provenientes de la ELAM en el curso escolar 2001-2002.
En los cursos 2002-2003 y 2003-2004 la Dra. Ana María Díaz Canel Navarro es designada Decana, desarrollando una estrategia encaminada a la dirección por objetivos. Se elabora en cada departamento una proyección estratégica quinquenal partiendo de objetivos medibles y alcanzables.
En el curso 2004-2005 el Dr. Jorge Jiménez Armada es designado Decano de la Facultad. Se producen grandes transformaciones en la enseñanza: se amplían las vías de ingreso a la carrera, se comienza con el Nuevo Modelo Pedagógico del Policlínico Universitario, teniendo como escenario docente la Atención Primaria de Salud, se incorporan las carreras de Tecnología de la Salud. La Facultad se integra al proceso de Universalización de la enseñanza.
Después de un periodo de tiempo funge como Decana la Lic. Olga Rivero, dándole continuidad a estrategias y objetivos anteriormente implantados y algunos nuevos para llevar a cabo un buen proceso docente-educativo. Posteriormente se asigna al Dr. Vladimir Curbelo, el cual dirigió la Facultad por un año. Seguidamente asumió el cargo la Dra. Mairim Lago.
Durante el mandato de la Dra. Mairim Lago, período 2016-2017, se llevaron a cabo diversas obras constructivas para el embellecimiento y mejoramiento de la Facultad, entre ellas está, local de protocolo de cocina-comedor, beca y edificio docente.
Seguidamente, en el período 2017-2018, el Dr. Suiberto Toledo Aguirre es asignado como Decano dando seguimiento a las labores constructivas de la Facultad iniciadas por la Dra. Mairim Lago, incluyendo la remodelación de la Biblioteca del centro.
Posteriormente, en los años 2018-2020, asume el cargo de Decano el Dr.C. Eduardo Joaquín Alemañy Pérez, el cual está llevando a la facultad a grandes trasformaciones, teniendo en cuenta principalmente el escenario docente.
Actualmente, en Noviembre del 2020, asume el cargo de Decano el Dr. Msc. Mariano Raúl Izquierdo Miranda, hasta la fecha el cual viene desarrollando un grupo de transformaciones en los escenarios docentes, desde el plan de mantenimiento y sostenibilidad de la facultad, además con vistas a la acreditación docente de la universidad y de la facultad, así como especialidades de los centros de pregrado y postgrado, con el consejo de dirección viene incrementando la calidad del claustro impulsando el desarrollo de nuestros profesores en proyectos de investigación, maestrías y doctorados, para mejorar los índices de calidad del centro.
