La proyección y organización de la investigación científica y la innovación, en TOXIMED se desarrolla a partir de la implementación del Sistema de Ciencia, Tecnología e Innovación (SCIT) en Salud y sus subsistemas; sustentado en la gestión por proyectos de investigación.
Los proyectos se llevan a cabo de acuerdo con las prioridades y líneas de investigación, el desarrollo y la innovación, en correspondencia con el banco de problemas, lo que evidencia su pertinencia como parte esencial del avance de la investigación científica en el posgrado.
| Línea de Investigación | Proyectos | Categoría |
| PROGRAMA DE ATENCIÓN MATERNO INFANTIL (PAMI) | Repercusión en la salud infantil de la presencia de plaguicidas en el líquido amniótico. | PAPS |
| Evaluación preclínica del potencial tóxico de plantas medicinales empleadas por mujeres embarazadas. | PNAP | |
| MEDICINA NATURAL Y TRADICIONAL (MNT) | Potencialidades farmacológicas de especies vegetales cubanas para uso terapéutico | PAPS |
| Estudios preclínicos para la obtención de fitoestrógenos en el tratamiento del síndrome climatérico en la mujer menopáusica. | PNAP | |
| MEDIO AMBIENTE | Seguridad integrada para procesos químicos: laboral, ambiental y ecológica en centros de salud pública. | PNAP |
| NORMALIZACIÓN, METROLOGÍA, CALIDAD Y ACREDITACIÓN (NMC-A) | Implementación del sistema de gestión de calidad y la acreditación en los servicios toxicológicos preclínicos, laboratoriales y de información, para la región oriental del país. | PNAP |