Dos meses permaneció en la prisión de Boniatos, hasta que concluyó el juicio y fue puesto en libertad junto con los otros acusados por falta de pruebas. Fue de los últimos en trasponer las rejas, en la noche del 10 de mayo; pero ya nunca más podría disfrutar de libertad. Batista envió a Santiago de Cuba al teniente coronel José María Salas Cañizares, como supervisor de la Policía Nacional, y le puso precio a su cabeza: $ 3 000.
Esa noche Frank comenzó su peregrinar por casas “…que, más que escondites, le servirán de bases secretas de operaciones en las semanas subsiguientes. Comienza su vida clandestina, dolorosamente separado de su madre, sus hermanos, sus personas más queridas, sus amigos, incluso sus compañeros” (Álvarez, 2008: 7).
No escuchó a quienes le sugerían incorporarse a la Sierra Maestra. Aunque resultaba imposible burlar por mucho tiempo el cerco policial en una ciudad en la que apenas vivían unas cien mil personas, prefirió contribuir en lo que consideró su más valioso aporte: organizar el movimiento revolucionario en todo el país en línea con la concepción de lucha de masas propugnada desde el primer momento por Fidel.
Ello implicaba revitalizar el accionar clandestino y articular sus acciones con la proyección de dos frentes claves: el Frente Obrero Nacional, encargado de desplegar una amplia movilización entre los trabajadores que se sumarían a la huelga general revolucionaria en el momento preciso —objetivo final en el propósito de derrocar el régimen—; y el Movimiento de Resistencia Cívica, encargado de aglutinar a amplios sectores profesionales, de clase media urbana y de la gran masa de la población con una dirigencia integrada por sus representantes más progresistas bajo el mando del Movimiento 26 de Julio.
“Nuestra misión es incorporar nombres, figuras, organizaciones, etcétera, a nuestra disciplina y no desdoblar o confiar a manos «extrañas» por amigas que parezcan o nos digan”, instruyó el 4 de mayo desde la cárcel a Arturo Duque de Estrada (Álvarez, 2008: 23).
Una semana después de su salida de prisión, el 17 de mayo de 1957, escribió una circular programática en la que llamó a la “verdadera unidad ideológica” dentro del Movimiento en torno a principios esenciales:
“No solo aspiramos a derrotar una dictadura que mancha nuestra historia de pueblo amante de la libertad, no solo aspiramos a poner fin a la bancarrota económica, no solo aspiramos a administrar y vivir honradamente, no solo aspiramos a devolver la libertad y la seguridad al pueblo de Cuba, aspiramos, y esto debe estar bien claro en todos los militantes del Movimiento 26 de Julio, a encauzar a Cuba dentro de las corrientes políticas, económicas y sociales de nuestro siglo, aspiramos a conmover profundamente todos los sectores del país, aspiramos a crear planes revolucionarios que pongan a todos esos sectores a trabajar en beneficio de la Patria Nueva, aspiramos a remover, derribar, destruir el sistema colonialista que aún impera […] implantar de acuerdo con las particularidades de nuestra idiosincrasia las modernas corrientes filosóficas que imperan actualmente en el mundo, aspiramos a no poner parches para salir del paso, sino a planear concienzuda y razonablemente la construcción de la Patria Nueva” (Álvarez, 2008: 27).