El Intituto de Cardiología y Cirugía Cardiovascular cuenta en su estructura organizativa con las siguientes áreas y departamentos:
Dirección
Director Fundador
Departamento Docencia, Investigaciones y Metrología
Departamento Epidemiológico Hospitalario
Departamento Economía
Departamento Informática
Departamento Seguridad, Protección y Defensa
Subdirección 1
Departamento Enfermería
Departamento de Registros Médicos
Servicio Consulta
Servicio de Arritmiología, Estimulación, Electrofisiológica
Servicio de Urgencias y Cuidados Intensivos Emergencia
Servicio de Hemodinámica y Cardiología Intervencionista
Servicio de Cuidados Intensivos Post-Quirúrgicos. Anestesiología y Reanimación
Servicio de Cirugía Cardiovascular y Unidad Quirúrgica
Servicio de Cuidados Intensivos Cardio-Quirúrgicos
Servicio de Cuidados Coronarios Intensivos
Servicio de Atención Médica Internacional
Subdirección 2
Departamento Laboratorio Clínico
Sección Hemoterapia
Departamento de Imagenología
Departamento de Ecocardiografía
Departamento de Microbiología
Departamento de Anatomía Patológica
Departamento Medicina Nuclear
Departamento de Farmacia
Departamento de Rehabilitación
Subdirección 3
Departamento de Electromedicina
Departamento Recursos Humanos
Departamento de Mantenimiento General y Sistemas Ingenieros
Departamento de Servicios Generales
Sección Cocina Comedor
Departamento Abastecimiento y Transporte