Se inicia la construcción del hospital varios años antes de la Revolución, pero la progresión de la obra estaba paralizada, y la fabricación estaba interrumpida, solo servía de pretexto para la inversión de dinero que iba destinado a aprovechados políticos e inescrupulosos negociantes; existiendo una pequeña plantilla de trabajadores que justificaban la inversión.
No fue hasta el triunfo de la Revolución en 1959 en que el Gobierno Revolucionario puso todo su empeño en terminar la obra y dotarla de todo el equipamiento necesario para lograr una Institución Hospitalaria ejemplar, como efectivamente ocurrió y que sería centro de estudio y formación para médicos, enfermeras y administradores al servicio de la salud del pueblo.
El Hospital nace con un espíritu gestado en las palabras del Comandante en Jefe Fidel Castro: “No pararemos hasta que cada familia pueda llevar a su ser querido a un Hospital que sea verdaderamente bueno…”
Durante dos años un equipo de profesionales cubanos, médicos, dentistas, enfermeras, obreros, farmacéuticos, trabajó silenciosa y voluntariosamente con gran amor y enorme entusiasmo para crear este Hospital. Realizada la planificación adecuada, las fábricas norteamericanas comenzaron a no servir pedidos y en mayo de 1960, una Comisión de nuestros médicos, viajó a la entonces República Democrática Alemana, arribaron a La Habana una gran cantidad de equipos y muchos compañeros funcionarios actuaron responsablemente con gran paciencia y astucia para conseguir algunos indispensables equipos en el área dólar.
El esfuerzo realizado fue extraordinario, porque en esos momentos el país atravesaba una situación económica y política muy difícil, pero hubo una inquebrantable decisión de alcanzar el triunfo, lo que se logró; y el 12 de junio de 1961, el Hospital, que fue creado por la Revolución en la Ciudad de la Habana, abre sus puertas a nuestro pueblo con el nombre de Hospital Nacional, ocupando un área de 53.392 metros cuadrados, con un edificio monobloque de seis pisos, dotado de todos los accesorios propios de un Hospital moderno.
Por primera vez en Cuba se creó en el Hospital Nacional la sala de recuperación, destinada a vigilar y atender a los pacientes desde el momento en que finaliza la intervención quirúrgica, hasta que el operado esté completamente despierto; la sala no es para tratar complicaciones, sino para prevenirlas bajo el cuidado de un personal especializado.
El Hospital, además de las correspondientes salas para ingresados, cuenta con Salas de Cuidados Polivalentes y Especial de Cuidados Intensivos, Cuerpo de Guardia con Sala de Cuidados Emergentes así como Servicio de Consulta Externa para pacientes ambulatorios de todas las especialidades médicas y quirúrgicas; un Servicio Especial, verdadero Hospital Materno Infantil, de Neonatología con laboratorio especializado. Así mismo el Hospital dispone de las diferentes especialidades de Medios Diagnóstico, Laboratorio Central, Banco de Sangre, Radiología, Imagenología, Anatomía Patológica, Endocrinología, etc.
En el momento crítico de la llamada crisis de octubre de 1962 se incorpora al hospital el inolvidable cardiólogo mexicano Enrique Cabrera asumiendo la responsabilidad de los Servicios de Cardiología del Hospital y del William Soler.
En el año 2005 se inicia la reparación del Hospital y se amplia el mismo creando un Centro de Urgencias y Emergencias con todos los servicios tales como Radiología, Imagenología, Cuerpo de Guardia, Laboratorio Clínico y Microbiología, etc. Se pusieron a disposición del pueblo equipos de última tecnología. Se inauguró un Centro Oftalmológico y un Laboratorio de Citogenética. En abril de 2008 se inaugura una óptica brindando servicio a toda la población. En el Hospital actualmente se atienden programas de la Revolución, tales como son Misión Milagro y Atención Integral al Atleta.