El CIDEM mantiene vínculos de colaboración con numerosos centros científicos, docentes y productivos del país, destacándose los centros que forman parte del Polo Científico de La Habana y las empresas productoras de medicamentos pertenecientes al Grupo Empresarial Farmacéutico QUIMEFA, de Cuba.
Desde el punto de vista internacional se mantienen relaciones de colaboración con numerosas instituciones y países con los cuales se desarrollan proyectos conjuntos de investigación. Dentro de las instituciones se destacan las ONG Medicuba Europa y OSPAAAL Solidaridad de España y por países se destacan Brasil, Vietnam, Bélgica, Italia, Colombia, Chile, Argentina, Venezuela, Perú, Ecuador, entre otros.