El CIDEM hace más de una década que trabaja en favor del medio ambiente con el concepto de desarrollo sostenible aplicando los tres pilares de la sostenibilidad: ecológico, económico y social para lograr el mejor desempeño ambiental posible. Se apoya en su instrumento fundamental, la Estrategia Ambiental y su Plan de Acción que contempla las actividades requeridas para prevenir, mitigar, controlar, compensar y corregir los posibles efectos o impactos ambientales negativos de su propio desarrollo.
Por el perfil del CIDEM, producción de medicamentos por cualquier vía (química y natural), se han identificado herramientas básicas ambientales como son el desarrollo de producciones limpias a partir de las mejoras bajo el enfoque de metas y objetivos con la reducción del uso de recursos bajo un esquema de productividad y sostenibilidad y, el desarrollo de fitomedicamentos basado en una agricultura ecológica con el uso óptimo de los recursos naturales sin emplear agroquímicos ni organismos genéticamente modificados -ni para abono ni para combatir las plagas-, logrando así respetar al medio ambiente de manera sostenible y equilibrada. En ambos casos con el objetivo de lograr lo que se conoce como eco-eficiencia en la empresa.
Como actividades de apoyo están la presentación de proyectos de investigación, la capacitación y docencia, la tutoría de diplomados y maestrías que permitan preparar adecuadamente el capital humano para acometer esta tarea.