Un Consejo Ejecutivo, formado por un Presidente, un Secretario General, un Vicepresidente, un Tesorero, y el Presidente ALAI anterior, gobierna operativamente la ALAI entre Asambleas Generales. Este Consejo se renueva cada tres años a partir de una propuesta hecha por un Comité formado por el Consejo saliente, y los Presidentes o representantes de las diferentes sociedades miembros, y la ratificación de la Asamblea General plenaria de los asociados individuales de ALAI.
El Presidente de ALAI se elige cada tres años a partir de las proposiciones del Comité, teniendo en cuenta los méritos individuales y la rotación alfabética de los países, así como la capacidad de la sociedad nacional para el co-auspicio de la tarea principal de ALAI en el trienio: la organización del Congreso de Inmunología Latinoamericano.
Los Presidentes anteriores de ALAI han sido: L. Cristina Giraudo Conesa (Argentina, 1984-1987), Nelson Mendes (Brasil, 1987-1990), Arturo Ferreira (Chile, 1991-1993), Ethel Garcia-Latorre (México, 1993-1996) y Alberto Nieto (Uruguay, 1996-1999), Jorge V. Gavilondo (Cuba, 1999-2002), Cleila Riera (Argentina, 2002-2005), Jose D Lopes (Brasil, 2005-2007), Flavio Salazar (Chile, 2007-2009) y José Luis Aguilar Olano (Perú, 2009-2012).